Hajime P

併用していなくても生じております。

数日間は他の同じ環境のMacbookを使用しておりましたが、そちらでは併用していても挙動は問題なかったです。

すみません。
上記の設定を変更しても、一定時間を経過するとTabキー及びcmd+zなどのキーが動作しなくなります。

はい。
問題としては、Mac miniで起きておりますが、その他のOSや外部のソフトウエア(Krabiner Element)などの設定は共通しております。

また、Houdiniのバージョンについても同じでした。