SteamからHoduiniを立ち上げた際に、
添付画像のようなポップアップが表示されてしまいます。

表示されないようにする方法を教えて頂けますでしょうか？

こちらは Houdini の設定ではなく、 Steam シェーダの設定のようで

Steam の設定で Vulkan shaders の
Downloads > Enable Shader Pre caching と Allow background processing の両方を無効にしてみてください。

該当項目を無効にしたところ問題が解決しました。
ありがとうございました。