Houdini Engine は、Houdini Engine API を用いて作成されたプラグインから使用することができます。プラグインはホストアプリケーション内で動作、Engine がクックした結果をホストアプリケーションに渡します。これには、Houdini ソフトウェアのインストールと、Houdini Core、Houdini FX または Houdini Engine のいずれかのライセンスが必要です。

アーティストは、 Autodesk Maya, Unity, Unreal, Cinema 4D 用に開発されたプラグインを使用して、 Houdini Engine へのアクセスできます。3DS Max 用のプラグインは現在開発中です。制作会社は Houdini Engine API を用いて独自のプラグインを作成し、大規模パイプラインへの統合を実現することができます。独自プラグインの実行には、商用版の Houdini Engine のライセンスが必要です。Houdini Engine Indie ではここに列挙されたプラグインの実行が可能です。